Specijalni rezervat prirode predstavlja morfološku celinu koja čini mozaik raznovrsnih staništa izraženih mezo i mikroklimatskih specifičnosti.
Geografski položaj, geološke i geomorfološke karakteristike uticale su na sastav biljnog sveta i raspored vegetacije, zbog čega Klisura Mileševke predstavlja floristički i fitogeografski najinteresantnije područje na prostoru jugozapadne Srbije.
U novije vreme poznata je kao najjužnije nalazište Pančićeve omorike.
