Na osnovu arhitektonskih karakteristika, pretpostavlja se da potiče iz srednjeg veka.
Ikonografiju karakterišu prikazi velikih praznika, nekoliko scena iz ciklusa stradanja Hristovih i drugih svetitelja.
Arhitektura crkve manastira Nikolje je skromna, međutim ovo je jedini manastir u klisuri koji je ostao sačuvan u svom arhitektonskom obliku još iz srednjeg veka, što mu daje posebnu važnost i značaj.
